Financer la recherche intégrée sur les microbiomes des systèmes alimentaires

Identifiant officiel

HORIZON-CL6-2026-02-FARM2FORK-11

Titre officiel

Integrating a holistic perspective in microbiome research for resilient, competitive and sustainable food systems

Appel et statut

Call 02 — single stage 2026. Ouverture : 14 janvier 2026. Clôture : 14 avril 2026. Au 21 octobre 2026 : clôturé ; fiche historique.

Budget et action

11 M€ au total ; la présentation PCN indique 2 projets (montant par projet à confirmer dans Funding & Tenders). Action RIA ; approche multi-acteurs et lump sum selon la présentation PCN.

À quoi sert ce financement ?

Ce topic soutient une recherche sur les microbiomes qui dépasse l’étude isolée d’un organisme ou d’un milieu. L’enjeu est de comprendre les interactions et les effets fonctionnels entre microbiomes associés aux plantes, aux animaux, aux humains, à l’eau, aux matrices alimentaires et aux écosystèmes connectés. La perspective One Health doit relier ces compartiments pour expliquer comment les microbiomes influencent la santé, la résilience, la qualité des aliments et la durabilité des systèmes alimentaires. Ce n’est pas un appel adapté à une étude de microbiome limitée à un seul produit sans hypothèse d’interaction ni retombées pour les systèmes alimentaires.

Scope et activités attendues

Construire un programme de recherche interdisciplinaire qui relie plusieurs hôtes et environnements ; caractériser les interactions entre microbiomes et leurs fonctions ; examiner les effets sur la résilience des systèmes alimentaires, la santé des plantes, des animaux et des humains, la sécurité et la qualité alimentaires, ainsi que les impacts environnementaux. La proposition doit définir les compartiments biologiques étudiés, les mécanismes testés, les méthodes comparables et la façon dont les données pourront être reliées. La logique attendue est systémique : échantillonnage et analyses omiques ne suffisent pas si le projet ne démontre pas les liens fonctionnels et les conséquences concrètes des interactions. Il faut expliciter les complémentarités entre disciplines, les protocoles de validation et les voies de réutilisation des résultats par la recherche ou les acteurs des filières.

Preuves et données à collecter

Schéma des compartiments microbiens et de leurs interactions ; hypothèses et fonctions ciblées ; protocole d’échantillonnage ; plan de données et d’interopérabilité ; méthodes omiques et validation ; accès aux plateformes ; gouvernance éthique et biosécurité ; scénarios d’application ; indicateurs de résilience, de santé ou de durabilité ; articulation avec les initiatives européennes pertinentes.

Partenaires à réunir

Coordinateur en microbiologie ou écologie microbienne ; équipes plantes/agronomie ; santé animale ou humaine selon les hôtes retenus ; sciences alimentaires ; bioinformatique ; plateformes analytiques ; acteurs de filière et sites pilotes ; expert en gestion de données et en évaluation des impacts.

Résultats attendus

Compréhension plus intégrée des interactions entre microbiomes ; jeux de données et méthodes comparables ; identification de mécanismes fonctionnels utiles aux systèmes alimentaires ; base scientifique pour de futures solutions renforçant résilience, santé et durabilité.

Questions de préqualification

Quels hôtes et environnements sont étudiés et pourquoi ? Quelle interaction précise est testée ? Comment les données seront-elles comparées entre compartiments ? Quelle validation établira la fonction observée ? Quels acteurs utiliseront les résultats ? Comment éviter une juxtaposition de lots de travail sans intégration réelle ?

Sources officielles

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