Financer la recherche sur le microbiome pour améliorer la santé et la durabilité des élevages

Identifiant officiel

HORIZON-CL6-2027-02-FARM2FORK-03

Titre officiel

Microbiome for terrestrial livestock sustainability and health within a One Health approach

Appel et statut

Call 02 — single stage 2027. Ouverture : 20 avril 2027. Clôture annoncée : 23 septembre 2027. Au 21 octobre 2026 : appel futur, non encore ouvert.

Budget et action

11,8 M€ au total ; HORIZON Research and Innovation Actions (RIA). Ouverture prévue le 20 avril 2027 ; clôture le 23 septembre 2027.

À quoi sert ce financement ?

Ce topic vise à mieux comprendre le rôle du microbiome dans la santé et la production des animaux d’élevage terrestres, ainsi que ses interactions avec les plantes, les sols, l’eau, l’environnement et la santé humaine. L’approche One Health doit déboucher sur des outils, modèles et stratégies permettant de renforcer la santé et le bien-être des animaux, de réduire l’usage des antimicrobiens et l’impact environnemental, et de limiter les risques de zoonoses ou de résistance aux antimicrobiens. Une étude descriptive du microbiote d’une seule espèce, sans lien avec les pratiques d’élevage, la santé ou l’environnement, serait insuffisante.

Scope et activités attendues

Les projets doivent étudier les microbiomes du bétail terrestre et leurs effets sur la santé animale, en intégrant les perspectives holobionte/hologénome et les interactions avec l’environnement et la santé humaine. Ils doivent développer des systèmes de suivi intégrés des indicateurs microbiome et santé dans les secteurs animal, végétal et humain, pouvant alimenter l’évaluation des risques de zoonoses et/ou d’émergence et de transmission de la résistance aux antimicrobiens. Il faut évaluer comment les solutions fondées sur le microbiome influencent la santé des sols et des plantes, et comment elles interagissent avec les fertilisants et pesticides chimiques. Les projets doivent concevoir des modèles holistiques de santé et de robustesse animale, prenant en compte bien-être, productivité, santé des plantes et des sols, synergies et arbitrages. Les stratégies d’intervention doivent viser la prévention des foyers, la réduction de la transmission interespèces et la diminution de l’usage des antimicrobiens. La proposition doit contribuer à des plateformes collaboratives d’évaluation, d’optimisation et d’échange de données et de connaissances, et réunir vétérinaires, microbiologistes, généticiens, biologistes, épidémiologistes et écologues. Une articulation avec les travaux financés sur les microbiomes alimentaires en 2026 et les partenariats européens pertinents est attendue.

Preuves et données à collecter

Espèces et systèmes d’élevage ciblés ; hypothèses fonctionnelles sur les microbiomes ; plan d’échantillonnage et indicateurs de santé ; données longitudinales ; méthodes omiques et validation ; protocole de suivi des antimicrobiens et des zoonoses/AMR ; mesures de bien-être, de productivité et d’impact environnemental ; règles de biosécurité et d’éthique ; architecture de partage des données ; accès aux fermes ; plan de validation des interventions ; articulation avec projets et partenariats européens existants.

Partenaires à réunir

Coordinateur en microbiome ou One Health ; vétérinaires ; laboratoires de microbiologie et génétique ; épidémiologistes ; experts en santé publique ; spécialistes de sols et plantes ; instituts d’élevage ; fermes pilotes ; plateforme de données ; experts en biosécurité et en transfert de connaissances.

Résultats attendus

Meilleure compréhension des relations microbiome-santé-production-environnement ; outils de suivi et de partage de données ; modèles de risque et stratégies préventives ; solutions favorisant la santé et le bien-être animal avec une moindre dépendance aux antimicrobiens ; recommandations pratiques pour les éleveurs et les services vétérinaires.

Questions de préqualification

Quelle relation microbiome-santé est testée ? Quelles espèces et conditions d’élevage sont incluses ? Comment intégrer les données animales, végétales, environnementales et humaines ? Quels indicateurs mesurent les zoonoses ou l’AMR ? Comment les interventions seront-elles évaluées en ferme ? Quelle réduction d’usage des antimicrobiens est réaliste ? Quels projets et partenariats européens seront associés ?

Sources officielles

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