CIR et agroalimentaire : quels projets de recherche sont éligibles ?

L'industrie agroalimentaire évolue sous l'effet de plusieurs enjeux : conservation des aliments, réduction des intrants, qualité nutritionnelle, sécurité sanitaire, valorisation des coproduits, nouvelles sources de protéines et décarbonation des procédés de fabrication.

Pour répondre à ces défis, les entreprises développent de nouvelles formulations, testent des procédés de transformation, étudient des microorganismes ou cherchent à améliorer les propriétés des matières premières agricoles.

Certains de ces travaux peuvent relever du Crédit d'Impôt Recherche (CIR). Mais une recette inédite, un nouveau produit commercial ou une amélioration de rendement ne suffisent pas automatiquement à justifier l'éligibilité.

Le critère central est la nature des travaux réalisés : l'entreprise doit mener des opérations de recherche et développement visant à résoudre une incertitude scientifique ou technique, au moyen d'une démarche d'investigation documentée.

Ce guide présente les principales situations à examiner pour les entreprises agroalimentaires, les industriels de la transformation, les fabricants d'ingrédients et les acteurs de l'agriculture.

1. Quelles conditions pour bénéficier du CIR dans l'agroalimentaire ?

Le CIR n'est pas réservé aux laboratoires de recherche ni aux grandes entreprises. Une PME agroalimentaire peut potentiellement en bénéficier si elle réalise des opérations de R&D répondant aux critères du dispositif — voir comment savoir si son projet est éligible au CIR.

L'analyse doit notamment porter sur cinq éléments.

1.1. Un problème scientifique ou technique identifiable

L'entreprise doit expliquer ce qu'elle cherche à résoudre. Il peut s'agir, par exemple, de stabiliser un ingrédient sensible à la chaleur, de maîtriser une fermentation difficile à reproduire ou de séparer des composants alimentaires sans altérer leurs propriétés.

L'objectif commercial — lancer un produit, réduire les coûts ou répondre à une demande client — ne suffit pas à démontrer qu'il s'agit de R&D.

1.2. Un état des connaissances et des solutions existantes

Le dossier doit présenter les techniques disponibles et leurs limites par rapport au problème rencontré.

Il peut s'agir de publications scientifiques, de brevets, de travaux antérieurs, de données techniques ou de résultats expérimentaux. L'objectif est d'établir pourquoi les connaissances accessibles ne permettent pas de résoudre directement le problème.

1.3. Une incertitude scientifique ou technique

L'entreprise doit caractériser ce qui reste inconnu ou difficile à prévoir.

Par exemple, les propriétés d'une nouvelle formulation peuvent être imprévisibles en raison des interactions entre protéines, matières grasses, eau et conditions de transformation. Cette difficulté ne rend toutefois pas automatiquement le projet éligible : elle doit être analysée au regard de l'état des connaissances et des travaux entrepris.

1.4. Une démarche expérimentale

La R&D peut mobiliser des essais de laboratoire, des plans d'expérience, des mesures physicochimiques, des analyses microbiologiques, des simulations ou des essais pilotes.

Il faut documenter les hypothèses, les paramètres testés, les résultats obtenus et les éventuels échecs.

1.5. Des résultats et des dépenses justifiables

Les résultats peuvent être positifs ou négatifs. L'échec d'une piste ne disqualifie pas nécessairement un projet si les travaux ont été conduits selon une démarche de recherche pertinente.

L'entreprise doit également être en mesure de relier les dépenses déclarées aux opérations de R&D effectivement réalisées.

À retenir : l'intérêt commercial ou environnemental d'une innovation agroalimentaire ne suffit pas. L'éligibilité dépend de la nature réelle des travaux et des critères fiscaux applicables.

2. Les projets agroalimentaires qui peuvent relever du CIR

Plusieurs domaines de recherche peuvent être concernés. Dans chaque cas, il faut examiner les incertitudes scientifiques ou techniques et les travaux effectivement réalisés.

2.1. Formulation de nouveaux aliments et ingrédients

Les entreprises peuvent rechercher de nouvelles formulations pour modifier la texture, la stabilité, les propriétés nutritionnelles ou le comportement d'un aliment au cours de sa transformation.

Les travaux peuvent porter sur :

• les interactions entre protéines, lipides, fibres et autres composants ;
• la stabilité d'une émulsion ou d'une suspension ;
• la modification des propriétés fonctionnelles d'un ingrédient ;
• la mise au point de formulations présentant des caractéristiques difficiles à obtenir simultanément ;
• la compréhension de phénomènes physicochimiques qui affectent la conservation ou la transformation.

Exemple : une entreprise souhaite développer une alternative végétale à un produit laitier. Les formulations disponibles ne permettent pas d'obtenir simultanément la texture, la stabilité et le comportement thermique recherchés. Elle mène un programme d'expérimentation sur les interactions entre protéines végétales, matières grasses et agents de structuration.

Les travaux peuvent présenter un potentiel d'éligibilité si les difficultés sont réellement incertaines au regard des connaissances accessibles et si la démarche expérimentale vise à les résoudre.

En revanche, une reformulation classique destinée à ajuster le goût, la couleur ou le coût d'un produit existant ne suffit généralement pas.

2.2. Fermentation et microbiologie alimentaire

La fermentation constitue un domaine important de recherche dans les produits laitiers, les boissons, les ingrédients fermentés et les alternatives aux protéines animales.

Les travaux peuvent porter sur :

• la sélection ou la caractérisation de microorganismes ;
• la compréhension des interactions entre plusieurs souches ;
• la maîtrise de cinétiques de fermentation complexes ;
• l'obtention de propriétés fonctionnelles nouvelles ;
• la stabilité microbiologique dans des conditions inhabituelles ;
• les mécanismes responsables de variations difficiles à expliquer d'un lot à l'autre.

Exemple : un fabricant cherche à obtenir une fermentation stable à partir d'une matière première dont la composition varie fortement. Les procédés connus ne permettent pas de prédire correctement le comportement des microorganismes. L'entreprise teste différentes conditions, étudie les interactions observées et développe une méthode de contrôle fondée sur les résultats expérimentaux.

L'intérêt du projet ne réside pas seulement dans la mise au point d'une recette : il faut démontrer les connaissances recherchées et les incertitudes qui ont nécessité les travaux.

2.3. Conservation et durée de vie des aliments

Prolonger la durée de conservation d'un produit peut relever de la recherche lorsqu'il faut résoudre des difficultés scientifiques ou techniques non résolues.

Les travaux peuvent notamment concerner :

• des mécanismes complexes d'altération ;
• les interactions entre conditionnement et composition du produit ;
• la stabilité de produits sensibles à l'oxygène, à l'humidité ou à la température ;
• de nouvelles méthodes de conservation ;
• les effets combinés de plusieurs paramètres sur les propriétés microbiologiques ou physicochimiques.

Il faut toutefois distinguer ces travaux de recherche des essais habituels de durée de vie, des contrôles microbiologiques de routine et de la qualification standard d'un emballage déjà disponible.

Les tests réalisés ne sont pas automatiquement éligibles parce qu'ils portent sur un produit nouveau. Leur rôle dans une opération de R&D doit être démontré.

2.4. Transformation des matières premières agricoles

La transformation de céréales, de fruits, de légumes, de légumineuses ou de coproduits agricoles peut donner lieu à des travaux de recherche.

Les entreprises peuvent chercher à :

• modifier les propriétés fonctionnelles d'une matière première ;
• développer de nouveaux procédés d'extraction ;
• réduire la dégradation de composés sensibles ;
• améliorer la séparation de fractions complexes ;
• obtenir des propriétés nouvelles sans utiliser certains additifs ;
• comprendre les effets de paramètres de transformation difficiles à maîtriser.

Une nouvelle méthode d'extraction ou de transformation peut présenter un potentiel d'éligibilité si sa mise au point implique de lever une incertitude scientifique ou technique. L'utilisation d'un équipement commercial selon des paramètres connus relève en revanche généralement de l'activité courante — voir aussi comment une entreprise industrielle peut-elle bénéficier du CIR ?

2.5. Protéines alternatives et nouveaux ingrédients

Les protéines végétales, les protéines issues de microorganismes et d'autres ingrédients alternatifs suscitent des travaux de recherche portant sur leur production, leur fonctionnalité et leur incorporation dans des aliments.

Les difficultés peuvent concerner la solubilité, la digestibilité, la stabilité, les propriétés sensorielles ou les interactions avec les autres ingrédients.

Une entreprise qui cherche à dépasser les limites des connaissances disponibles peut conduire des opérations de R&D. Mais le caractère végétal, innovant ou durable d'un ingrédient ne constitue pas, à lui seul, une preuve d'éligibilité.

2.6. Valorisation des coproduits et économie circulaire

Les industries agroalimentaires produisent des coproduits qui peuvent contenir des protéines, des fibres, des lipides, des minéraux ou d'autres molécules valorisables.

Les projets de recherche peuvent chercher à :

• récupérer des composés difficiles à extraire ;
• préserver les propriétés fonctionnelles pendant le traitement ;
• développer de nouvelles méthodes de séparation ;
• transformer un coproduit en ingrédient présentant des propriétés inédites ;
• maîtriser les contaminants ou les phénomènes de dégradation ;
• mettre au point un procédé permettant de valoriser une matière première très variable.

Exemple : une entreprise cherche à extraire des protéines d'un coproduit végétal tout en préservant leur fonctionnalité. Les méthodes disponibles provoquent une dégradation qui rend le produit final inutilisable pour l'application visée. Plusieurs voies d'extraction sont testées et leurs effets sont étudiés.

Les travaux peuvent relever du CIR si l'entreprise démontre que le problème ne pouvait pas être résolu directement par les techniques connues et qu'une démarche de recherche était nécessaire.

3. Agriculture et amélioration des productions agricoles

Le secteur agricole peut également conduire des travaux de R&D, notamment sur les variétés végétales, la résistance aux contraintes environnementales, les propriétés des sols ou les procédés de production.

3.1. Sélection et amélioration variétale

Des travaux peuvent porter sur la compréhension de mécanismes biologiques, la recherche de caractéristiques génétiques ou la mise au point de méthodes permettant d'obtenir des propriétés nouvelles.

L'expérimentation agricole ne constitue cependant pas systématiquement de la R&D. Les essais variétaux courants, les comparaisons agronomiques de routine et l'application de pratiques connues doivent être distingués des opérations qui cherchent à résoudre une incertitude scientifique ou technique.

3.2. Résistance aux maladies et au stress climatique

La recherche peut porter sur les mécanismes de résistance à des maladies, à la sécheresse, à la salinité ou à des températures extrêmes.

L'entreprise doit expliquer ce qui reste inconnu, les connaissances disponibles, les hypothèses testées et la démarche adoptée.

Une expérimentation peut être éligible même si elle n'aboutit pas au résultat espéré, dès lors qu'elle répond aux critères de la R&D et permet de faire progresser les connaissances.

3.3. Biofertilisants et procédés biologiques

Le développement de biofertilisants, de solutions biologiques ou de nouvelles méthodes de valorisation des ressources peut nécessiter des travaux sur les interactions entre microorganismes, plantes et sols — un champ proche de celui traité dans CIR en biotechnologies et santé.

L'éligibilité dépend du contenu scientifique du projet, pas de sa seule contribution à l'agriculture durable.

4. Exemples de projets : CIR potentiel ou activité courante ?

Le tableau suivant aide à identifier les situations qui méritent une analyse plus approfondie.

Projet	Première orientation
Développer un procédé de fermentation dont le comportement reste imprévisible	CIR potentiel
Créer un ingrédient aux propriétés fonctionnelles nouvelles en levant des incertitudes scientifiques	CIR potentiel
Développer une méthode inédite de séparation de composants d'un coproduit	CIR potentiel
Étudier les mécanismes de résistance d'une variété à un stress particulier	CIR potentiel
Développer un nouveau procédé dont les performances ne peuvent être prédites avec les connaissances disponibles	CIR potentiel
Ajuster une recette existante pour réduire son coût	Généralement hors CIR
Effectuer des analyses microbiologiques de routine	Généralement hors CIR
Réaliser les contrôles qualité habituels avant commercialisation	Généralement hors CIR
Tester un emballage standard selon un protocole connu	Généralement hors CIR
Acheter une ligne de conditionnement standard	L'investissement seul n'est pas du CIR

Ces orientations ne constituent pas une décision fiscale. Une analyse doit être menée pour chaque opération, en tenant compte de son contexte, des connaissances disponibles et des critères applicables.

5. Quelles dépenses examiner pour un projet agroalimentaire ?

Les dépenses ne sont examinées qu'après avoir caractérisé les opérations de R&D. Il ne faut pas considérer l'ensemble des coûts d'un projet agroalimentaire comme éligible au CIR — le détail : quelles dépenses sont éligibles au CIR ?

5.1. Personnel affecté à la recherche

Les dépenses de personnel peuvent constituer une composante importante de l'assiette lorsqu'elles correspondent aux fonctions et aux travaux admis par les règles fiscales.

Il faut notamment documenter :

• les fonctions exercées ;
• les compétences scientifiques ou techniques mobilisées ;
• les opérations auxquelles chaque personne contribue ;
• le temps consacré aux travaux concernés ;
• le lien entre les activités et les incertitudes étudiées.

Dans une entreprise agroalimentaire, un ingénieur procédés, un microbiologiste, un spécialiste de formulation ou un chercheur peut contribuer à des opérations de R&D. Le titre du poste ne suffit toutefois pas à déterminer l'éligibilité — voir les salaires des ingénieurs et chercheurs dans le CIR.

5.2. Recherche externalisée

Une entreprise peut confier certains travaux à un laboratoire, un organisme de recherche ou un autre prestataire.

Le traitement fiscal dépend notamment de la nature des travaux, de leur lien avec les opérations de R&D et des conditions applicables au prestataire (organisme public ou agréé, plafonds). La facture seule ne prouve pas que les dépenses sont éligibles — voir comment traiter la sous-traitance dans le calcul du CIR.

Il faut conserver les contrats, les livrables, les protocoles, les résultats et les éléments permettant d'identifier les travaux effectivement réalisés.

5.3. Matériels, prototypes et installations pilotes

Les essais peuvent nécessiter des prototypes, des installations pilotes ou des équipements spécifiques. Les équipements affectés à la recherche entrent en principe dans l'assiette par le biais de leurs dotations aux amortissements, sous conditions.

Leur traitement fiscal doit être vérifié au regard des règles applicables à l'exercice. La réalisation d'un prototype ne rend pas automatiquement tous les coûts associés éligibles.

Il faut aussi distinguer les essais destinés à lever une incertitude des activités de production, de validation courante ou de commercialisation.

5.4. Réforme des dépenses de CIR depuis 2025

Les règles de calcul ont évolué pour les dépenses exposées à compter du 15 février 2025. La loi de finances pour 2025 a notamment exclu de l'assiette du CIR les dépenses de veille technologique ainsi que les frais de prise, de maintenance et de défense des brevets et certificats d'obtention végétale — et l'amortissement de ceux acquis —, et réduit de 43 % à 40 % le forfait de fonctionnement calculé sur les dépenses de personnel.

Il faut donc vérifier la réglementation applicable à chaque période avant d'établir l'assiette — une précision importante pour les obtenteurs de variétés végétales, directement concernés par l'exclusion des frais de certificats d'obtention végétale.

6. Comment documenter un projet agroalimentaire ?

Le dossier justificatif doit présenter le raisonnement scientifique et technique de l'entreprise, et non uniquement la description commerciale du produit — voir comment justifier les travaux de recherche éligibles au CIR ?

Pour chaque opération de R&D, il est utile de documenter les éléments suivants.

6.1. Le contexte et l'objectif scientifique

Présenter le produit, le procédé ou la matière première étudiée, puis décrire précisément le problème à résoudre.

Éviter les formulations trop générales telles que « améliorer la qualité » ou « développer une recette innovante ». Il faut préciser les propriétés recherchées et les difficultés rencontrées.

6.2. L'état de l'art

Présenter les solutions accessibles et les limites rencontrées.

Selon le projet, les sources peuvent inclure des publications scientifiques, des brevets, des ouvrages spécialisés, des données techniques et des résultats antérieurs.

Le BOFiP précise que la R&D doit comporter un élément de nouveauté et permettre de lever une incertitude scientifique ou technique. La nouveauté commerciale d'un produit ne suffit donc pas.

6.3. Les hypothèses et les protocoles

Expliquer les hypothèses formulées et les paramètres étudiés : température, pH, pression, durée, concentration, conditions de fermentation ou autres facteurs pertinents.

Les protocoles doivent permettre de comprendre comment les essais ont été réalisés et pourquoi ils étaient nécessaires.

6.4. Les résultats et les échecs

Conserver les mesures, les résultats intermédiaires, les analyses et les conclusions.

Les résultats négatifs peuvent être importants s'ils permettent d'exclure certaines pistes ou de mieux comprendre les phénomènes étudiés.

6.5. Le lien avec les dépenses déclarées

Le dossier technique et les données financières doivent être cohérents. Les personnes mobilisées, les périodes de travail, les prestataires et les autres dépenses doivent correspondre aux opérations de R&D décrites.

Le guide officiel du CIR du ministère chargé de la Recherche fournit une méthode de justification et des ressources documentaires pour préparer le dossier.

7. Exemple détaillé : développement d'un ingrédient à base de coproduits végétaux

Une PME agroalimentaire souhaite valoriser un coproduit végétal pour créer un ingrédient destiné à l'industrie alimentaire.

Les premiers essais montrent que les procédés d'extraction disponibles ne permettent pas d'obtenir simultanément la stabilité et les propriétés fonctionnelles recherchées.

L'entreprise engage un programme comprenant :

1. L'analyse des connaissances et procédés existants.
2. L'identification des difficultés scientifiques ou techniques.
3. La formulation d'hypothèses sur les mécanismes de dégradation.
4. Des essais comparant différentes conditions d'extraction.
5. Des analyses physicochimiques des fractions obtenues.
6. L'interprétation des résultats et l'adaptation des protocoles.

Le projet est-il éligible ?

Il peut présenter un potentiel d'éligibilité au CIR si les difficultés ne peuvent pas être résolues directement à partir des connaissances accessibles et si les travaux répondent aux critères de la R&D.

En revanche, si les procédés connus permettent d'obtenir le résultat recherché et que l'entreprise se contente de les appliquer ou de les ajuster de manière courante, les travaux concernés peuvent relever de l'activité habituelle.

Quelles preuves conserver ?

• La synthèse de l'état de l'art.
• Les hypothèses scientifiques.
• Les protocoles expérimentaux.
• Les résultats et mesures.
• Les comptes rendus des essais infructueux.
• Les conclusions techniques.
• Les éléments justifiant les dépenses de personnel et de sous-traitance.

Cet exemple illustre une démarche possible. Il ne permet pas, à lui seul, de conclure à l'éligibilité fiscale d'un projet réel.

8. CIR ou CII : quel dispositif pour un produit agroalimentaire innovant ?

Le CIR et le crédit d'impôt innovation (CII) répondent à des critères différents.

Le CIR concerne les opérations de recherche scientifique ou technique répondant aux critères de la R&D.

Le CII est réservé aux PME : il vise certaines dépenses d'innovation, notamment la conception de prototypes ou d'installations pilotes de produits nouveaux, sous réserve des conditions fiscales applicables (taux de 20 % pour les dépenses exposées à compter du 1er janvier 2025, dans la limite de 400 000 € de dépenses par an).

Une entreprise agroalimentaire qui développe un nouveau produit peut donc devoir distinguer :

• les opérations de recherche visant à lever des incertitudes scientifiques ou techniques ;
• les travaux de conception de prototype susceptibles de relever du CII ;
• les activités de production, de contrôle courant et de commercialisation ;
• les opérations dont l'éligibilité reste à examiner.

Les différentes phases d'un projet peuvent se succéder ou se chevaucher. Il ne faut pas attribuer automatiquement un dispositif à l'ensemble d'un projet en fonction de son seul intitulé — voir le guide complet du CIR et du CII. Une même dépense ne peut pas être retenue à la fois au CIR et au CII, et les aides publiques reçues pour ces travaux se déduisent de l'assiette — voir peut-on cumuler le CIR avec des subventions ?

9. Les erreurs à éviter

Les entreprises agroalimentaires doivent être particulièrement vigilantes sur les points suivants :

• considérer qu'une nouvelle recette est automatiquement éligible au CIR ;
• confondre innovation commerciale et recherche scientifique ou technique ;
• assimiler les analyses qualité habituelles à des travaux de R&D ;
• ne pas établir l'état des connaissances disponibles ;
• ne pas expliquer les incertitudes rencontrées ;
• conserver uniquement les résultats finaux et oublier les essais intermédiaires ;
• inclure toutes les dépenses du projet sans examiner leur admissibilité ;
• utiliser une méthode de calcul qui ne tient pas compte des règles applicables à l'exercice fiscal ;
• négliger la cohérence entre le dossier technique et les montants déclarés.

10. FAQ — CIR agroalimentaire

Une nouvelle recette alimentaire peut-elle bénéficier du CIR ?

Pas automatiquement. Une nouvelle recette peut relever d'une activité courante de formulation. Le CIR peut être envisagé si les travaux répondent aux critères de la R&D, notamment lorsqu'ils nécessitent de lever une incertitude scientifique ou technique.

La mise au point d'un produit végétal innovant est-elle éligible ?

Elle peut l'être, mais le caractère végétal ou innovant du produit ne suffit pas. Il faut analyser les travaux réalisés, les connaissances disponibles et les incertitudes rencontrées.

Les recherches sur la fermentation sont-elles éligibles au CIR ?

Certaines opérations peuvent l'être, notamment si elles visent à comprendre des mécanismes biologiques ou à résoudre des difficultés techniques non résolues. Les contrôles microbiologiques de routine doivent être distingués des opérations de recherche.

Une entreprise agricole peut-elle bénéficier du CIR ?

Oui, si elle réalise des opérations de R&D répondant aux critères du dispositif et si les conditions fiscales applicables sont respectées. Les essais agronomiques habituels ne sont pas automatiquement des opérations de R&D.

Les analyses de laboratoire sont-elles éligibles ?

Cela dépend de leur rôle. Des analyses indispensables à une opération de R&D peuvent être prises en compte selon les règles applicables, tandis que les analyses de routine et les contrôles qualité habituels ne constituent généralement pas de la R&D en eux-mêmes.

Peut-on bénéficier du CIR pour valoriser des déchets alimentaires ?

Potentiellement. Les travaux visant à résoudre des difficultés scientifiques ou techniques de séparation, d'extraction ou de transformation peuvent relever de la R&D. Une simple mise en œuvre d'un procédé déjà maîtrisé ne suffit pas.

Comment sécuriser un dossier CIR agroalimentaire ?

Il faut documenter l'état de l'art, les incertitudes, les hypothèses, les essais, les résultats et les dépenses. Le guide officiel du CIR et les commentaires administratifs permettent de vérifier les critères applicables. Une analyse spécialisée ou un rescrit peut être envisagé selon la situation.

11. Estimer votre crédit d'impôt

Estimez votre crédit d'impôt potentiel et identifiez les points à vérifier avec le calculateur CIR / CII de Capital OS. Le résultat est une simulation indicative, qui ne garantit ni l'éligibilité des travaux ni le montant ou le remboursement du crédit.

12. Sources officielles

• Guide du crédit d'impôt recherche 2025 — ministère chargé de la Recherche
• BOFiP — Distinction entre activités de R&D et activités connexes
• BOFiP — Définition des activités de recherche et développement éligibles
• BOFiP — Réforme du CIR et du CII par la loi de finances pour 2025
• Impots.gouv.fr — Puis-je prétendre au crédit d'impôt recherche ?

13. Articles complémentaires du dossier

• Guide général : CIR et CII — le guide complet
• Comment savoir si son projet est éligible au CIR ?
• Quelles dépenses sont éligibles au CIR ?
• Comment calculer le montant du CIR ?
• CIR et entreprise industrielle
• CIR en biotechnologies et santé
• Peut-on cumuler le CIR avec des subventions ?
• Comment justifier les travaux de recherche éligibles au CIR ?
• CIR et transition énergétique (à paraître)

Prochain article du dossier : CIR et matériaux — nouveaux matériaux, composites et procédés industriels