Comment traiter la sous-traitance dans le calcul du CIR ?

Une entreprise qui réalise des travaux de recherche peut confier certaines opérations à un laboratoire, une université, un bureau d'études ou un prestataire spécialisé.

Les dépenses correspondantes peuvent, sous conditions, entrer dans le calcul du Crédit d'Impôt Recherche (CIR). Cependant, le fait qu'une facture concerne un projet de R&D ne suffit pas à la rendre éligible.

Il faut notamment vérifier la nature des travaux, le statut du prestataire, les éventuelles obligations d'agrément et les plafonds applicables. Il faut également déterminer comment les dépenses externalisées s'articulent avec celles déclarées par l'entreprise donneuse d'ordre.

1. Quelles prestations peuvent être éligibles au CIR ?

La sous-traitance peut concerner différents types d'opérations, par exemple :

• des travaux scientifiques réalisés par un laboratoire ;
• des expérimentations confiées à un organisme spécialisé ;
• des études techniques nécessaires à une opération de R&D ;
• des travaux expérimentaux externalisés auprès d'un prestataire qualifié.

En revanche, les prestations de conseil général, de gestion de projet, de maintenance informatique ou de développement courant ne deviennent pas éligibles simplement parce qu'elles sont associées à un programme de recherche.

Il faut établir un lien direct entre la prestation facturée et les opérations de R&D répondant aux critères du CIR.

2. L'agrément CIR du prestataire est-il obligatoire ?

Pour que les dépenses de recherche externalisées soient retenues dans l'assiette du CIR du donneur d'ordre, le prestataire doit satisfaire aux conditions réglementaires, notamment disposer de l'agrément requis lorsqu'il est applicable.

L'agrément vise à vérifier que l'organisme ou l'expert possède la capacité de mener lui-même des opérations de recherche scientifique et technique.

Avant de signer un contrat, l'entreprise doit donc vérifier :

• si la prestation correspond réellement à des opérations de recherche ;
• si le prestataire doit être agréé ;
• si son agrément est valide pour la période et les travaux concernés ;
• si les opérations sont réalisées dans les conditions prévues par les textes.

La liste officielle des organismes agréés est publiée par le ministère chargé de la Recherche. Le régime applicable doit être vérifié au moment où les travaux sont confiés.

Source : BOFiP — Dépenses externalisées du CIR.

3. Quels plafonds s'appliquent à la sous-traitance ?

Les dépenses externalisées sont soumises à plusieurs limites.

Dans le régime général décrit par la doctrine fiscale publiée en août 2025 :

• les dépenses de recherche externalisées sont plafonnées à 10 millions d'euros par an, en l'absence de lien de dépendance ;
• lorsque l'entreprise et le prestataire ont un lien de dépendance, un plafond spécifique de 2 millions d'euros s'applique à ces dépenses ;
• les dépenses externalisées concernées sont également limitées à trois fois le montant des autres dépenses de recherche ouvrant droit au CIR, avant application des plafonds correspondants.

Le plafond de 2 millions d'euros est inclus dans le plafond global de 10 millions d'euros. Les règles peuvent nécessiter une analyse particulière selon la catégorie de l'organisme et la situation contractuelle.

Un point important en découle : une entreprise qui externalise l'ensemble de sa recherche sans réaliser elle-même d'opérations de R&D ne peut pas bénéficier du CIR au titre de ces dépenses dans le cadre du régime général concerné.

Source : BOFiP — Dépenses externalisées, plafonds et conditions.

4. Comment calculer une dépense de sous-traitance admissible ?

Prenons une entreprise qui réalise elle-même des travaux de R&D et confie des opérations complémentaires à un organisme agréé, sans lien de dépendance.

Elle engage :

• 800 000 € de dépenses de recherche internes admissibles ;
• 3 millions d'euros de dépenses de recherche externalisées.

Dans l'exemple prévu par la doctrine fiscale, la première limite correspond à trois fois les dépenses internes admissibles, soit :

800 000 € × 3 = 2 400 000 €

Les dépenses externalisées étant de 3 millions d'euros, leur montant retenu au titre de cette première limite est de 2,4 millions d'euros.

Il faut ensuite vérifier les autres plafonds applicables. Dans cet exemple, le plafond global de 10 millions d'euros n'étant pas atteint, l'assiette externalisée admissible reste de 2,4 millions d'euros.

Limite	Montant
Dépenses externalisées engagées	3 000 000 €
Limite « 3 × dépenses internes »	2 400 000 €
Plafond annuel (sans lien de dépendance)	10 000 000 €
Montant externalisé retenu (le plus bas)	2 400 000 €

Cet exemple reprend la logique de plafonnement exposée dans le BOFiP. Le calcul réel dépend de la nature des dépenses, des liens entre les entreprises et des autres limites réglementaires — voir comment calculer le montant du CIR.

5. Sous-traitance informatique : quelles précautions prendre ?

Pour une entreprise qui développe un logiciel, une plateforme SaaS ou une technologie d'intelligence artificielle, la frontière entre recherche et prestation informatique classique est particulièrement importante — voir le développement d'un logiciel est-il éligible au CIR ?

Une facture de développement ne devient pas une dépense de R&D éligible simplement parce qu'elle concerne un produit innovant.

Il faut distinguer :

• les travaux expérimentaux visant à résoudre une incertitude scientifique ou technique ;
• les développements réalisés selon des spécifications connues ;
• la maintenance, le support et les corrections courantes ;
• les prestations de déploiement, de paramétrage ou d'intégration.

L'entreprise doit également examiner les conditions d'agrément du prestataire et la manière dont les travaux ont été confiés.

Une prestation peut être techniquement complexe sans répondre aux critères fiscaux de la R&D.

6. Quels documents conserver ?

Pour chaque prestation externalisée, il est recommandé de conserver :

• le contrat et la description précise des travaux ;
• les justificatifs d'agrément lorsque celui-ci est requis ;
• les factures et les preuves de paiement ;
• les livrables scientifiques et techniques ;
• les comptes rendus d'expérimentation ;
• les éléments permettant de distinguer les travaux de R&D des prestations courantes ;
• les calculs de plafonnement et les justificatifs des dépenses internes ;
• les éléments permettant d'établir l'existence ou l'absence d'un lien de dépendance.

Ces documents doivent être cohérents avec le dossier scientifique global de l'entreprise.

7. FAQ — Sous-traitance et CIR

Une facture de laboratoire est-elle automatiquement éligible au CIR ?

Non. Les travaux doivent correspondre à des opérations de recherche admissibles et les conditions réglementaires relatives au prestataire doivent être respectées.

Peut-on déclarer les factures d'un développeur freelance ?

Cela dépend de la nature des travaux et des conditions légales applicables. Il faut notamment vérifier si le prestataire relève du régime d'agrément requis. Une prestation de développement logiciel classique ne suffit pas à justifier l'éligibilité.

Une entreprise peut-elle externaliser toute sa R&D ?

Le régime général prévoit des limites importantes aux dépenses externalisées, notamment un plafond lié aux autres dépenses de recherche réalisées par l'entreprise. Une entreprise qui ne réalise aucune R&D en interne ne peut pas bénéficier du CIR pour les opérations externalisées concernées dans ce cadre.

Quel est le plafond de sous-traitance pour le CIR ?

Le régime général prévoit notamment un plafond de 10 millions d'euros en l'absence de lien de dépendance et de 2 millions d'euros en présence d'un tel lien, ainsi qu'une limite calculée à partir des autres dépenses de recherche admissibles. Les conditions précises doivent être vérifiées dans la doctrine fiscale en vigueur.

L'agrément du prestataire doit-il être vérifié chaque année ?

Il est prudent de vérifier le statut et la période de validité de l'agrément pour les travaux concernés, notamment avant la signature du contrat. Les conséquences d'un retrait d'agrément dépendent de la situation et des dates applicables.

8. Sources officielles

• BOFiP — Dépenses externalisées du CIR
• Ministère chargé de la Recherche — Crédit d'impôt recherche
• Impôts.gouv.fr — Crédit d'impôt recherche

9. Articles complémentaires du dossier

• Guide général : CIR et CII — le guide complet
• Quelles dépenses peut-on intégrer dans le CIR ?
• Comment calculer le montant du CIR ?
• Comment justifier les travaux de recherche éligibles au CIR ?
• Le développement d'un logiciel est-il éligible au CIR ?

Prochain article du dossier : Comment préparer un contrôle fiscal portant sur le CIR ?